本堂（国宝）−徳川家光の寄進により寛永10年（1633年）に再建されたもの。「清水の舞台」で知られる建物である。屋根は寄棟造、檜皮葺きで、正面（南面）左右に入母屋造の翼廊が突き出し、外観に変化を与えている。建物の前半部分は山の斜面にせり出すようにして建てられ、多くの長大な柱（139本という）が「舞台」と呼ばれるせり出し部分を支えている。
このような構造を「懸造」（かけづくり）、あるいは「舞台造」と言い、観音菩薩は補陀洛山（ふだらくさん）に現われるという「観音経」の所説に基づくものである。観音霊場として名高い長谷寺や石山寺の本堂が同様の「懸造」である点も注意される。
内陣には、秘仏本尊の千手観音、毘沙門天、地蔵菩薩をそれぞれ安置する3基の厨子が置かれ、本尊厨子の周囲には千手観音の眷属である二十八部衆と風神・雷神像が安置される。本尊の千手観音立像は、42本の手のうち、2本を頭上で組み合わせる特殊な形の像であり、33年に1度開扉の秘仏である（2000年3月3日から同年12月3日まで開扉された）。
