東大路通から清水寺までの約1キロの坂道は清水坂と称され、道の両側には観光客向けのみやげ物店などが軒を連ねている。境内は標高242メートルの清水山（音羽山）中腹に石垣を築いて整地され、多くの建物が軒を接するように建ち並んでいる。
入口の仁王門を過ぎ、西門、三重塔、鐘楼、経堂、田村堂（開山堂）、朝倉堂などを経て本堂に至る。本堂の先、境内の東側には北から釈迦堂、阿弥陀堂、奥の院が崖に面して建つ。
本堂東側の石段を下りた先には寺名の由来でもある名水が3本の筧（かけい）から流れ落ちており、「音羽の滝」と呼ばれている。
音羽の滝からさらに南へ進むと、「錦雲渓」と呼ばれる谷を越えた先に塔頭寺院の泰産寺があり、「子安塔」と呼ばれる小さな三重塔がある。
このほか、本堂の北に鎮守社の地主神社（じしゅじんじゃ）があり、さらに北には清水寺本坊の成就院がある。
